Mnohé nedorozumenia pri nájme poľnohospodárskej pôdy sú následkom chýb v nájomnej zmluve. Jednou z častých chýb v praxi je podľa právnika Milana Vallu nedostatočné špecifikovanie pozemku ako predmetu nájmu. „Neurčitosť predmetu zmluvy môže pritom do budúcnosti vyvolať spor o to, či vôbec bola nájomná zmluva platne uzavretá. Aj pri nájme poľnohospodárskeho pozemku, tak ako aj pri každej inej zmluve, platí, že čím podrobnejšie je špecifikovaný predmet zmluvy, teda v tomto prípade poľnohospodársky pozemok, tým vyššiu mieru právnej istoty v platnosť zmluvy máme,“ hovorí právnik.
Vhodné je teda uviesť v predmete zmluvy všetky informácie, ktoré obsahuje list vlastníctva. V médiách, rôznych príručkách a na internete možno nájsť vzory, podľa ktorých sa dá zmluva vytvoriť. Tie by však mali slúžiť len ako návod, lepšie je zmluvu konzultovať s odborníkom. Pozor si treba dať napríklad na to, že konkrétny druh zmluvného vzťahu môže byť upravený v rôznych osobitných predpisoch, o ktorých zmluvné strany ani nemusia vedieť, že existujú. Takto podstupujú riziko, že obsah zmluvy bude v rozpore s právnymi normami, čo spôsobuje neplatnosť zmluvy. Pri nájme poľnohospodárskej pôdy je potrebné dať si pozor napríklad na obmedzenia týkajúce sa doby nájmu, obmedzenia týkajúce sa výšky nájomného a podobne.
Nevýhodné podmienky v nájomnej zmluve možno do istej miery riešiť zmenami v existujúcej zmluve. Platí, že aj uzavretú zmluvu možno v priebehu jej platnosti meniť na základe vzájomnej dohody zmluvných strán. Ide v podstate ako dodatok k zmluve, keď pôvodná zmluva ostáva platná, ale zmenia sa len niektoré práva a povinnosti. Zmluvné strany sa však môžu dohodnúť aj na tom, že pôvodne uzavretá zmluva zanikne a ako celok sa nahradí novou zmluvou.
Problém pri nájomných zmluvách spôsobuje aj odstúpenie od zmluvy či výpoveď zmluvy. Upozorniť treba, že výpoveď nájomnej zmluvy a odstúpenie od zmluvy sú dva odlišné inštitúty, hoci ľudia to nie vždy tak vnímajú. Jednostranné ukončenie zmluvného vzťahu jednou zmluvnou stranou pre porušenie zmluvy druhou zmluvnou stranou je odstúpenie od zmluvy. Zákon o nájme poľnohospodárskych pozemkov rieši síce osobitné prípady vzniku práva na odstúpenie od zmluvy, ale nezaplatenie nájomného ako dôvod na odstúpenie od zmluvy o nájme poľnohospodárskeho pozemku je upravený v Občianskom zákonníku ako všeobecnom právnom predpise. Odstúpiť od zmluvy je možné, ak nájomca aj napriek upozorneniam nezaplatil splatné nájomné ani do troch mesiacov po jeho splatnosti, alebo do splatnosti ďalšieho nájomného, ak je ďalšie nájomné splatné za viac ako tri mesiace.
Čo sa týka výpovede z nájmu, tak podľa Vallu ktorákoľvek zmluvná strana môže vypovedať nájomnú zmluvu uzavretú na dobu určitú k 1. novembru, pričom výpovedná doba je jeden rok, pokiaľ v nájomnej zmluve nie je dohodnutá iná výpovedná doba. Vypovedať zmluvný vzťah je z dôvodu právnej istoty a preukázateľnosti jeho zániku vhodné vždy písomnou formou. V prípade, ak si pozemok prenajíma podnikateľský subjekt, písomná forma je zákonom určená, obligatórna. Občiansky zákonník ako všeobecný právny predpis tiež umožňuje výpoveď nájomnej zmluvy, ktorej predmetom je nehnuteľnosť, v prípade zmeny vlastníka nehnuteľnosti. V takomto prípade má však právo vypovedať nájomnú zmluvu iba nájomca.